Quelle: medizininformatik-initiative.de – Um eine verbesserte Analyse von Behandlungsdaten im HL7 FHIR Standard zu gewährleisten, haben Forscher die Software fhircrackr entwickelt.
Das von der Medizininformatik-Initiative (MII) festgelegte Datenformat HL7 FHIR Standard eignet sich optimal für interoperablen Datenaustausch und -speicherung. Die Möglichkeiten statistischer Auswertung sind hingegen begrenzt. Um eine verbesserte Analyse von Behandlungsdaten zu gewährleisten, haben die Universität Leipzig und das Universitätsklinikum Jena, die dem SMITH-Konsortium angehören, im Rahmen des MII Use Case POLAR die Software fhircrackr entwickelt.
Die Medizininformatik-Initiative (MII) arbeitet gemeinsam mit zahlreichen Partnern daran, routinemäßig erhobene Behandlungsdaten aus der Gesundheitsversorgung für die medizinische Forschung nutzbar zu machen. Hierfür hat sich die MII auf das Datenformat HL7 FHIR Standard für die Umsetzung des Kerndatensatzes geeinigt, welches heterogene Daten interoperabel verarbeitet, d. h. nahtlos zusammenführt. FHIR-Daten sind optimal darauf angepasst, medizinische Daten interoperabel auszutauschen und zu speichern. Für statistische Auswertungen eignen sie sich hingegen weniger. Der FHIR-Standard speichert die Daten in einzelnen, verschachtelten und miteinander verknüpften Ressourcen statt in tabellarischen Strukturen. Gängige statistische Verfahren sind jedoch auf diese Strukturen angewiesen.
Um das Problem zu lösen, wurde im Rahmen des MII Use Cases POLAR durch die Universität Leipzig und das Universitätsklinikum Jena, die dem SMITH-Konsortium angehören, die Software fhircrackr entwickelt. Fhircrackr erlaubt dem Nutzer, mit Hilfe der Statistiksoftware und Programmiersprache R auf einen FHIR-Server zuzugreifen und von dort Daten herunterzuladen. Die heruntergeladenen Daten können anschließend in Tabellenform umgewandelt und für eine statistische Analyse aufbereitet werden. Im Use Case POLAR, der sich mit Gesundheitsrisiken bei Patienten mit Polymedikation befasst, können so in FHIR vorliegende Medikationsdaten aus den Datenintegrationszentren (DIZ) ausgeleitet und von fhircrackr in Tabellen umgewandelt werden. Auf dieser Basis sind beliebige Aggregationen der Daten möglich.
Fhircrackr wurde erstmalig im Juli 2020 auf CRAN (Comprehensive R Archive Network) veröffentlicht. CRAN ist ein öffentliches Online-Archiv für R-Pakete, das den Paket-Code testet und frei zur Verfügung stellt. Außerdem wird fhircrackr quelloffen unter dem Softwareverwaltungsdienst Github weiterentwickelt. Als eine der ersten Lösungen zur Transformation von FHIR-Daten in Tabellen fand diese in der gesamten MII großen Zuspruch und wird gleichermaßen in SMITH Use Cases wie HELP und PHEP und übergreifenden Use Cases wie POLAR und CORD zum Einsatz kommen.